La storia si svolge a Camelot una fortezza abitata da creature leggendarie, come i draghi, ma dove l'uso della magia è stato vietato, dallo spietato tiranno, governante della città, Uther Pendragon. Su questo scenario di tirannia spicca un giovane, nato con straordinari poteri magici, che arriva nel regno di Camelot, di nome Merlino e che subito si crea molti nemici, tra cui l'arrogante principe Artù. Lo aiuterà Gaius, saggio medico di corte che gli svelerà i segreti dell’arte della medicina. Merlino saprà utilizzare il suo talento non solo per sopravvivere ma anche per svelare oscuri segreti che avvolgono Camelot. La prima stagione in Inghilterra si conclude il 13 dicembre. In Italia la serie sbarca il 15 dicembre e viene trasmesso su Italia uno. Il 13 dicembre 2008, la BBC ha annunciato che una seconda stagione è stata commissionata e che le riprese cominceranno nel 2009.